По време на втората фаза на Програмата, голяма част от дейността на Crown Agents e пряко свързана с вече направените препоръки по време на Фаза I и тяхното практическо изпълнение. Повишаването на събираемостта на държавните приходи остава основен приоритет на програмата, но дейностите включват по-широк кръг от области на работа и организации. Подпомагат се не само агенциите и отделите на Министерство на финансите, но и други държавни структури, които отговарят за защитата на държавните приходи, като Икономическа полиция, Държавната комисия по хазарта и Държавна агенция „Национална сигурност”. Тази помощ включва засилване на мерките за сътрудничество между институциите, както и организиране и предоставяне на обучение в области, свързани с разкриването на митнически измами и случаи на пране на пари.